Schildklier antistoffen zijn antilichamen die het immuunsysteem aanmaakt tegen de eigen schildklier. Er zijn verschillende soorten schildklier antistoffen, waaronder antistoffen tegen thyroglobuline en thyroperoxidase. Het is mogelijk om op deze antistoffen te testen om te zien of er sprake is van een auto-immuunziekte van de schildklier, zoals Hashimoto's thyroiditis of de ziekte van Graves.